พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้มีพระมหากรุณาธิคุณพระราชทานแนวพระราชดำริ
แก้ไขปัญหาน้ำท่วมกรุงเทพมหานคร ไว้ 5 แนวทาง คือ ประการแรก สร้างคันกั้นน้ำ
โดยปรับปรุงแนวถนนเดิม ประการที่สอง จัดให้มีพื้นที่สีเขียว (Green Belt)
ตามพระราชดำริ เพื่อกันการขยายตัวของเมือง และเพื่อแปรสภาพให้เป็นทางระบายน้ำ
เมื่อมีน้ำหลาก ประการที่สาม ดำเนินการขุดลอกคลอง ขยายคลองที่มีอยู่เดิม
และขุดใหม่นอกแนวคันกั้นน้ำ ประการที่สี่ สร้างสถานที่เก็บน้ำตามจุดต่าง ๆ
ประการที่ห้า ขยายช่องทางรับน้ำที่ผ่านทางรถไฟและทางหลวง วิธีการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมในภูมิภาคต่าง ๆ คือ

1. การก่อสร้างคันกันน้ำ โดยการก่อสร้างคันดินกั้นน้ำขนานไปตามลำน้ำเพื่อป้องกัน
   มิให้น้ำล้นตลิ่งไปท่วมในพื้นที่ต่าง ๆ ด้านใน การก่อสร้างทางผันน้ำ เพื่อผันน้ำทั้งหมดหรือบางส่วนที่ล้นตลิ่งท่วมล้นเข้ามา
   ให้ออกไป
2. การปรับปรุงและตกแต่งสภาพลำน้ำ เพื่อให้น้ำที่ท่วมทะลักสามารถไหลไปตาม
   ลำน้ำได้สะดวก หรือช่วยให้กระแสน้ำไหลเร็วยิ่งขึ้น

การแก้ไขปัญหาน้ำท่วมพื้นที่ในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล
ตามพระราชดำริ "แก้มลิง" ลักษณะและวิธีการของโครงการแก้มลิง

1. ดำเนินการระบายน้ำออกจากพื้นที่ตอนบน ให้ไหลลงคลองพักน้ำขนาดใหญ่
   ที่บริเวณชายทะเล เมื่อระดับน้ำทะเลลดต่ำกว่าระดับน้ำในคลอง ก็ทำการระบายน้ำจากคลอง
   ดังกล่าว โดยใช้หลักการทฤษฎีแรงโน้มถ่วงของโลก (Gravity Flow)
   ตามธรรมชาติ สูบน้ำออกจากคลองที่ทำหน้าที่ "แก้มลิง" นี้ เพื่อจะได้ทำให้น้ำตอนบน
   ค่อยๆ ไหลมาเองตลอดเวลา ส่งผลให้ปริมาณน้ำท่วมพื้นที่ลดน้อยลง
   
2. เมื่อระดับน้ำทะเลสูงกว่าระดับน้ำในลำคลองให้ทำการปิดประตูระบายน้ำ
   โดยยึดหลักน้ำไหลลงทางเดียว

(One Way Flow) หลักการ 3 ประเด็น ที่โครงการแก้มลิงจะสามารถมีประสิทธิภาพบรรลุผลสำเร็จตามแนวพระราชดำริคือ

1. การพิจารณาสถานที่ที่จะทำหน้าที่เป็นบ่อพัก และวิธีการชักนำน้ำท่วมไหล
   เข้าสู่บ่อพักน้ำ เส้นทางน้ำไหลที่สะดวกต่อการระบายน้ำเข้าสู่แหล่งที่ทำหน้าที่บ่อพักน้ำ
2. การระบายน้ำออกจากบ่อพักน้ำอย่างต่อเนื่อง

โครงการแก้มลิงฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา ใช้คลองชายทะเลที่ตั้งอยู่ริมทะเล
ด้านจังหวัดสมุทรปราการ ทำหน้าที่เป็นบ่อพักน้ำหรือบ่อรับน้ำ โครงการแก้มลิงในพื้นที่
ฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา ทำหน้าที่รับน้ำในพื้นที่ฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา
เพื่อระบายออกทะเลด้านจังหวัดสมุทรสาคร พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้พระราชทาน
พระราชดำริเพื่อให้การระบายน้ำท่วมออกทะเลเร็วขึ้นด้วยวิธีการต่าง ๆ คือ
โครงการแก้มลิง "แม่น้ำท่าจีนตอนล่าง" ซึ่งใช้หลักการในการควบคุมน้ำในแม่น้ำท่าจีน
คือ เปิดระบายน้ำจำนวนมากลงสู่อ่าวไทยเมื่อระดับน้ำทะเลต่ำ โครงการแก้มลิง
แม่น้ำท่าจีนตอนล่าง จะมีประสิทธิภาพสมบูรณ์ต้องดำเนินการครบระบบ 3 โครงการ
ด้วยกัน คือ

1. โครงการแก้มลิง "แม่น้ำท่าจีนตอนล่าง" โครงการแก้มลิง "คลองมหาชัย-คลองสนามชัย"
2. โครงการแก้มลิง "คลองสุนัขหอน"

โครงการแก้มลิงนับเป็นนิมิตรหมายอันเป็นสิ่งที่ชาวไทยทั้งหลายได้รอดพ้นจากทุกข์ภัย
ที่นำความเดือดร้อนแสนลำเค็ญมาสู่ชีวิตที่อบอุ่นปลอดภัย ซึ่งแนวพระราชดำริ
อันเป็นทฤษฎีเกี่ยวกับการบริหารจัดการด้านน้ำท่วมนี้ มีพระราชดำริเพิ่มเติมว่า
"...ได้ดำเนินการในแนวทางที่ถูกต้องแล้ว ขอให้รีบเร่งหาวิธีปรับปรุงและเพิ่ม
ประสิทธิภาพต่อไป เพราะโครงการแก้มลิงในอนาคตจะสามารถช่วยพื้นที่ได้หลายพื้นที่..."

  โครงการแก้มลิงตะวันตก
เมื่อวันที่ 5, 9, 12 และ 24 กุมภาพันธ์ 2539
     ณ พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชทานพระราชดำริแก่นายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรี และเจ้าหน้าที่จากหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ให้เร่งศึกษา และพิจารณาดำเนินการ โครงการแก้มลิงตะวันตก "คลองมหาชัย – สนามชัย" เนื่องจากเป็นแหล่งรับน้ำใกล้ บริเวณที่น้ำท่วมขังในเขตจังหวัดสมุทรสาคร นครปฐม นนทบุรี และกรุงเทพมหานคร ซึ่งจะช่วยบรรเทา ปัญหาน้ำท่วมได้อย่างมี ประสิทธิภาพ และเสียค่าใช้จ่ายไม่มากนัก ลักษณะของโครงการ ประกอบด้วยประตูระบายน้ำปิดกั้นคลองต่างๆ พร้อมสร้างสถานีสูบน้ำ และขุดลอกคลอง ทั้งนี้เพื่อรวบรวมน้ำ รับและดึงน้ำ ที่ท่วมขังพื้นที่ทางตอนบนมาเก็บไว้พร้อมกับระบาย ออกสู่อ่าวไทยตามจังหวะขึ้นลงของน้ำทะเลโดยอาศัย แรงโน้มถ่วงของโลก และการสูบน้ำที่เหมาะสม สอดคล้องกัน
กรุงเทพมหานครได้รับมอบหมายให้ทำการ ก่อสร้างสถานีสูบน้ำ และประตูระบายน้ำที่บริเวณ คลองขุนราชพินิจ และคลองลูกวัวดังนี้


1. ก่อสร้างประตูระบายน้ำคลองขุนราชพินิจ ขนาดบาน กว้าง 6.00 เมตร จำนวน 3 ช่อง พร้อมติดตั้งเครื่องสูบน้ำ ขนาด 3 ม3/วินาที จำนวน 5 เครื่อง
2. ก่อสร้างประตูเรือสัญจรคลองลูกวัวเก่า ขนาดบานกว้าง 3.00 เมตร 1 ช่อง 2 แห่ง
3. ก่อสร้างประตูระบายน้ำคลองลูกวัว ขนาดบานกว้าง 6.00 เมตร จำนวน 2 ช่อง พร้อมติดตั้งเครื่องสูบน้ำ ขนาด 3 ม3/วินาที จำนวน 1 เครื่อง
4. ก่อสร้างประตูระบายน้ำคลองแยกคลองเชิงตาแพ ขนาดบานกว้าง 6.00 เมตร จำนวน 1ช่อง พร้อมติดตั้งเครื่องสูบน้ำ ขนาด 3 ม3/วินาที จำนวน 1 เครื่อง (ใช้งบประมาณ 46 ล้านบาท เริ่มดำเนินการ 20 กรกฎาคม 2539 แล้วเสร็จ 15 กันยายน 2539)
     นอกจากการก่อสร้างสถานีสูบน้ำและประตูระบายน้ำตามโครงการเร่งด่วนดังกล่าว กรุงเทพมหานครกำลังจัดทำ Master Plan ของโครงการแก้มลิงในพื้นที่ทั้งหมดของกรุงเทพมหานคร ด้านฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา

  โครงการแก้มลิงฝั่งตะวันออก
     กรุงเทพมหานคร ได้ทำการศึกษาและวาง Master Plan ของโครงการแก้มลิงในพื้นที่ฝั่ง ตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยาโดยมีเป้าหมายให้สามารถเก็บน้ำได้รวมประมาณ 15 ล้านลูกบาศก์เมตร ซึ่งปัจจุบันได้ดำเนินการไปบางส่วนแล้วดังนี้

2.1 ได้มีการก่อสร้าง บึงรับน้ำ 6 บึง เพื่อใช้เป็น แก้มลิง โดยจะแล้วเสร็จภายในปี 2542 คือ บึงพังพวย บึงทรงกระเทียม บึงพิบูลย์วัฒนา บึงกุ่ม บึงพล ม2 และบึงหนองบอน ซึ่งจะรับน้ำได้ 2 ล้านลูกบาศก์เมตร

2.2 อยู่ระหว่างดำเนินการจัดหาพื้นที่รับน้ำเพิ่มอีก 13 ล้านลูกบาศก์เมตร ซึ่งสำรวจพบว่าที่ดิน มีลักษณะเป็นบึงอยู่แล้ว จำนวน 14 แห่ง แต่เป็นที่ดินของเอกชน จึงจะใช้วิธีดำเนินการตามลำดับดังนี้
1. ขอใช้ที่ดิน
2. ขอซื้อหรือเช่า
3. การเวนคืน
4. จัดประชุมเชิงปฏิบัติการ โครงการพัฒนาพื้นที่เก็บกักน้ำ "แก้มลิง" เอกชน